Systém ISIS obsahuje celou řadu šablon, které umožňují transformovat data do jiné formátované podoby vhodné například pro tisk, zobrazení nebo export dat. Nejčastěji jsou šablony využívány pro generování tiskových dokumentů ve formátu PDF nebo pro generování automatických poštovních zpráv. Šablony jsou rozděleny do několika skupin.
Systémové šablony (přehled v menu → záložce system), sloužící pro běh aplikace.
Nedoporučujeme do systémových šablon zasahovat.
Standardní šablony dodávané s aplikací ISIS (přehled v menu → záložce standard), obsahující vzory šablon pro všechny generované dokumenty využívané v aplikaci.
Uživatelské šablony, které umožňují úpravy standardních šablon tak, aby lépe vyhovovaly místním podmínkám a potřebám (přehled v menu → záložce user). Název uživatelské šablony musí být stejný jako příslušné standardní šablony pouze bez úvodního znaku “_“. Pokud je v systému definována uživatelská šablona, systém ji použije místo standardní. Pokud definována není, je využita standardní šablona. Za úpravy uživatelských šablon je zodpovědných zákazník. Upozorňujeme, že nesprávnou definicí šablony může dojít k nefunkčnosti aplikace při generování výstupního dokumentu.
Definice šablony se skládá z následujících polí.
| Pole | Popis |
| Název | Obsahuje název šablony. Je definován dodavatelem aplikace. Standardní šablony jsou uvozeny znakem „_“. |
| Typ dokumentu | Určuje výsledný typ vygenerovaného dokumentu. Vybírá se z nabízených hodnot (PDF, TXT, HTML, XML). |
| Skupina | Určuje, ve které skupině je šablona zařazena. Tedy pokud vytváříte vlastní šablony, zařazujte je do skupiny user. |
| Popis | Obsahuje bližší popis šablony pro přesnější identifikaci. |
| XML šablona | XML dokument, jemuž jsou předávána data z aplikace přes jelly prvky ${......}. |
| XSL šablona | Transformační a formátovací pravidla pro XML dokument. |
Podrobnější informace je možné nalézt na těchto www stránkách.